Né à Marseille, Jean-Philippe Navarre étudie d'abord au Conservatoire de Toulon avant d'être admis au Conservatoire National Supérieur de Paris où il suit l'enseignement de Jean-Claude Henry (contrepoint), Roger Boutry (harmonie), Michel Merlet (fugue), Claude Ballif (analyse et composition), Yves Gérard et Bernard Gagnepain (histoire de la musique), Michaël Lévinas (orchestration et réduction d'orchestre au piano) et Jean-Sébastien Béreau (direction d'orchestre). Lors de classes de maître, il a également l'occasion de recevoir les conseils de Yehudi Menuhin, Zubin Mehta, Pierre Boulez, Vitaly Kataev et Manuel Rosenthal. Avec ce dernier, il étudie, en privé, l'oeuvre de Maurice Ravel.

Muni d'une ample moisson de premiers prix, Jean-Philippe Navarre définit trois grands axes de sa carrière : la direction d'orchestre, avec un intérêt particulier porté à la musique ancienne et les intruments originaux, la recherche musicologique et la pédagogie. Il obtient tour à tour deux Certificats d'Aptitude (culture musicale et direction de conservatoire).

En 1985, il fonde l'orchestre Le Collège Musical, avec lequel il enregistre et se produit régulièrement, et en 1996, il démarre une série de traités anciens en traduction française, la collection AMICVS, d'abord aux éditions du Cerf, puis chez Pierre Mardaga éditeur. Invité souvent sur les radios nationales (France-Culture et France-Musiques), Jean-Philippe Navarre produit également quelques séries d'émissions. La qualité de la réflexion et le soin qu'il apporte à l'interprétation en font un artiste complet, toujours curieux, sans jamais réduire la portée expressive et émotionnelle des musiques qu'il aborde.

Il est nommé directeur de l'École Nationale de musique, de danse et de Théâtre de Créteil en 1990, puis directeur adjoint du Conservatoire National de Région de Lille, directeur du Conservatoire National de Région de Metz, et enfin directeur du Conservatoire Régional du Grand Nancy. De 2010 à 2012, Jean-Philippe Navarre a présidé l'Union Nationale des Directeurs de Conservatoire (UNDC).

En 2014, Jean-Philippe Navarre a réorienté son parcours en quittant la direction de conservatoire — qu'il a exercée durant 25 ans — pour se consacrer plus pleinement à l'enseignement, à la recherche musicologique et à la direction d'orchestre.